Die Chemie ist eine grundlegende Naturwissenschaft, durch die einerseits Schüler lernen, wissenschaftlich zu arbeiten und Experimente durchzuführen, andererseits aber auch Alltagsphänomene zu erklären und ihr Wissen auf Probleme des täglichen Lebens anzuwenden und so neue Lösungen zu finden.

Das Fach Chemie wird in den Klassen 7 bis 10  unterrichtet und kann in der Oberstufe als Grundkurs oder auch als Leistungskurs fortgeführt werden.

Einzigartig  am Gymnasium Schloß Neuhaus ist die Umsetzung des START-Konzepts  der Universität Münster in Jahrgangsstufe 7. Bei diesem Unterrichtsgang werden alle Grundlagen der Chemie auf anschauliche Weise gelegt: das Modelldenken, das chemische, stöchiometrische Rechnen und der kontinuierliche Wechsel von der Stoffebene auf die atomare Ebene sowie das zielgerichtete Experimentieren, Beobachten und Schlussfolgern. Die Schüler haben bis zum Ende der Klasse 7 Atome, Moleküle, Metalle und Salze kennengelernt und beherrschen das chemische Rechnen.

Als besonderes Highlight der Klasse 7 werden jedes Jahr in Zusammenarbeit mit der Paderborner Feuerwehr die Brandschutztage durchgeführt, bei denen die Schülern sich über die Unterrichtsinhalte hinaus bei den Experten informieren und auch selbst das Löschen mit einem Feuerlöscher ausprobieren können.

Die drei Chemieräume sind mit Labortischen und einer großen Zahl an Laborgeräten ausgestattet, so dass ein besonders hoher Anteil an Experimenten  von den Schülern selbst durchgeführt werden kann. Für Experimente, die in der Schule nicht durchgeführt werden können, besteht eine Kooperation mit der Universität Paderborn. In den vergangenen Jahren wurden die Labore der Universität mehrfach von Schülern des GSN besucht, um beispielsweise industrielle Analysegeräte zu nutzen. Zudem besuchen Lehrende der Universität Paderborn das GSN, um über ihre Forschungsgebiete zu berichten und über das Chemiestudium und berufliche Perspektiven in der Chemie zu informieren.

Neben dem Unterricht werden die die Schüler dazu ermuntert an Chemie-Wettbewerben teilzunehmen. Dies gibt ihnen die Möglichkeit, sich in weiteren wissenschaftlichen Methoden auszuprobieren, fachlich ihren Horizont zu erweitern und die neu gewonnenen Erkenntnisse und Erfahrungen in den Unterricht einfließen zu lassen. Dies erweitert ihren Horizont und lässt so auch Wissen von außen in den Unterricht einfließen. So nehmen immer wieder Schülerinnen und Schüler des GSN mit Begeisterung und Erfolg an der Chemie-Olympiade, der Junior Science Olympiade und den Wettbewerben Chemie – die stimmt, Chem-pions und Dechemax teil.